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推行医疗忍者普及化
c级忍术普及化，即忍者学校学生在最后两年可免费学习三个c级忍术
白牙自杀，主角试图阻拦，白牙为保护卡卡西仍然选择自杀，临终前托付给主角
三战开始，主角跟随纲手对阵砂忍村，大蛇丸带队对抗雾忍村，自来也带队对抗岩忍村，云忍村尚未全面开战，由奈良鹿久领队龟缩防守。
加藤断战死，纲手得了恐血症，为避免纲手暴露虚实，主角一人打崩三代风影和守鹤，三代风影身受重伤，人柱力身死，守鹤重获自由，几年后重生，后罗砂再度封印。
主角增援大蛇丸，鬼灯满月尚在位，矢仓崭露头角，三尾在大海里战斗力过于强大，两边僵持不下。
岩忍村逐渐压制木叶，此时三代雷影再度偷家，大野木大怒，不惜一切损失诱敌深入，一万忍者轮死三代雷影。
和木叶对峙的艾回村继承雷影的位置，木叶得以喘息，三代土影携大胜之势派队对木叶发起猛攻，波风水门瞬杀五十名上忍，一人击溃千名岩忍，金色闪光之名响彻忍界。
随后神无昆桥战役暴发，波风水门再度完成任务，但是宇智波带土“战死”
雾忍村忍刀七人众去断木叶的后勤线，不幸遇见了凯……最不幸的是遇见了戴，扑街……
悠一扛住了三尾，大蛇丸正面刚赢了鬼灯满月，雾忍村损失虽不大但也明白没有战胜的希望，宣告投降——当然，没有赔偿……
云忍村刚刚完成权力交换，四代雷影急吼吼赶过来被悠一和波风水门击退。
三战结束，三代火影颇感力不从心，决定退位，能够争得本应该是大蛇丸和自来也，两人均退出支持自己的弟子，主角坐拥日向和宇智波家的支持，主角成功上位。
主角改革木叶警备队，所有人都可以进入，同时试图放开对宇智波家出任务的限制，由于团藏的阻挠，宇智波家每年只准有三个毕业的孩子进入小队出村执行任务。
主角和大蛇丸依靠从雾忍村得到的尸体进行实验，血继限界推广开始，只要有足够的功勋，冰遁、爆遁、蜥蜴人三种可以进行兑换。
